カリフォルニアに拠点を置くバイオベンチャー企業GenNext Technologies社は、ヒドロキシラジカルプロテインフットプリンティング(HRPF)技術を用いてタンパク質の相互作用、フォールディング、凝集などをペプチド・アミノ酸残基レベルで解析する受託サービスを提供します。
同社はプラズマランプを採用したベンチトップ型Foxプロテインフットプリンティングシステムを開発し、再現性が高く確実なHRPFを実現しました。FoxシステムとLC-MS/MSを組み合わせることにより、リガンド結合部位やタンパク質―タンパク質相互作用、オリゴマーの形成に関わる領域をペプチドまたはアミノ酸残基レベルで同定出来ます。

HRFPの一般的なワークフロー
1.タンパク質の親水表面のアミノ酸側鎖をヒドロキシラジカルで不可逆的に修飾
2.修飾したタンパク質を変性させプロテアーゼによる分解消化
3.LC-MS/MSのペプチド定量・定性解析
4.修飾したペプチド(アミノ酸残基)の同定

例えば、タンパク質―タンパク質相互作用解析の場合は、まずターゲットタンパク質単体とタンパク質―タンパク質複合体でHRPFを行います。次に酵素処理によりペプチド断片化を行い、LC-MS/MSで酸化されているペプチドを定量及び定性的に解析します。専用ソフトウェアを用いて、ペアワイズ差ヒストグラムなどでの解析により相互作用に関わる領域やアロステリックによる構造変化を同定します。

受託解析サービスアプリケーション
モノクローナル抗体:エピトープマッピング、パラトープマッピング、凝集研究
創薬ターゲット:薬物結合部位、アロステリック効果、解離定数の決定
バイオシミラー開発:対照薬の比較
生体分子相互作用解析:タンパク質―リガンド、タンパク質―タンパク質相互作用
その他:発現系プラットフォーム研究や賦形剤効果など

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