ヒドロキシラジカルプロテインフットプリンティング(HRPF)とLC-MS/MSを組み合わせた、新しいタンパク質の高次構造解析は、従来の構造解析を補完する強力なツールとして注目されています。HRPFによりタンパク質の親水表面をヒドロキシラジカル修飾することで、コントロールとの示差的な解析により、リガンド結合部位やタンパク質―タンパク質相互作用、オリゴマーの形成に関わる領域をペプチドまたはアミノ酸残基レベルで同定出来ます。

カリフォルニアに拠点を置くバイオベンチャーGenNext Technologies社はレーザーフリーのベンチトップ型Foxプロテインフットプリンティングシステムを開発しました。このシステムにより、再現性が高く確実なHRPFを実行することができます。また、従来15時間以上必要だった解析時間を約10分に短縮することが出来るHRPF解析用のFoxWareソフトウェアも開発しました。これらの画期的なハードウェアとソフトウェアを用いてGenNext Technologies社では受託解析サービスも提供しています。

HRFPの一般的なワークフロー
1.タンパク質の親水表面のアミノ酸側鎖をヒドロキシラジカルで不可逆的に修飾(Foxプロテインフットプリンティングシステム)
2.修飾したタンパク質を変性させプロテアーゼによる分解消化
3.LC-MS/MSのペプチド定量・定性解析(FoxWareソフトウェア)
4.修飾したペプチド(アミノ酸残基)の同定(FoxWareソフトウェア)

例えば、タンパク質―タンパク質相互作用解析の場合は、まずターゲットタンパク質単体とタンパク質―タンパク質複合体でHRPFを行います。次に酵素処理によりペプチド断片化を行い、LC-MS/MSで酸化されているペプチドを定量及び定性的に解析します。専用ソフトウェアを用いて、ペアワイズ差ヒストグラムなどでの解析により相互作用に関わる領域やアロステリックによる構造変化を同定します。

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