環境DNAの分析では、水や土壌からDNAを抽出し、専用のプライマーセットを使って次世代シークエンサー(NGS)で解析する。魚類や甲殻類、哺乳類、昆虫などさまざまな分類群に対し、検出可能な種に対応するプライマーを混合したプライマーセットが開発・発売されている。受託解析も盛んだ。

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