診断薬や医薬品などの有用な蛋白質を植物や動物、昆虫などの農林水産畜産物を使って低コストで大量生産する方法の実用化が広がっている。栽培面積や飼育頭数を増やすだけでスケールアップできる。その一方で、農林水畜産物の中での蓄積量・生産性や生産物の精製プロセスが複雑になったり、遺伝子組換え動植物に対する規制が厳しくなったりしている。培養動物細胞などを用いた既存の蛋白質生産方法と比較して、分子農業の優位性を確保するのは難しいことも分かってきた。

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