現在市販されているDNAシーケンサーは、大まかに3つの世代に分けられる。第1世代は、ヒトゲノムプロジェクトを牽引してきたキャピラリーシーケンサーである。第2世代は、同プロジェクトの成功を受けて一気に爆発した需要を満たすべく開発された高出力ショートリードシーケンサーである。そして第3世代は、第2世代シーケンサーの登場によって明らかとなった、第2世代シーケンサーでは解析困難な領域を解析するために開発された1分子ロングリードシーケンサーである。第2世代シーケンサーは、ときとして第3世代シーケンサーも含めて、一般に次世代DNAシーケンサー(NGS)と呼ばれている。

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