次世代DNAシーケンサーの現状を表1にまとめた。次世代DNAシーケンサーは、多分子型(クローナル)と一分子型に大別される。多分子型はPCRによる増幅が必要であるが、シーケンス精度が高く、膨大な数のサンプルの解析が可能である。しかし、解析長が短いという欠点がある。一方、一分子型はサンガー法などと比較しても解析長が長いことが大きな特徴である。しかし、解析数に限界があり、エラーを補正のためにスループットが少なくなるという問題がある。現在、次世代シーケンサーを市販しているのは4社のみである。次世代シーケンサーの先駆けとなったRoche454やIllumina社と覇権を争ったThermo Fisher Scientific社(Applied Biosystems)のSOLiD、世界初の一分子DNAシーケンサーであった米Helicos Biosciences社のHeliscopeなどは既に過去の遺物となっている。

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