機能性食品という概念は、世界に先駆けて日本で誕生した。1984年からの文部省(現文部科学省)の研究プロジェクトで本格的な取り組みが始まり、1991年に特定保健用食品(トクホ)という表示制度として結実した。トクホは、機能性食品の健康効果について商品ごとに国が審査して健康効果を商品に表示できる制度。当初は厚生労働省が管轄し、2009年9月からは新発足の消費者庁がトクホ制度を管轄している。トクホの総数は1271品目(2016年9月23日の取り消し分まで)。日本国内で生産される商品に対する表示許可が1270品目、海外で生産される商品に対する表示承認が1品目である。直近では2016年4月28日に8品目の表示が許可された。

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