マイクロバイオータ(microbiota)はある環境中の微生物を指し、マイクロバイオーム(microbiome)は微生物が持つゲノム情報の総体を指す用語である。ヒトは総数にして600兆から1000兆個の微生物と共存している。中でも最も研究が進んでいるのが腸内細菌である。細菌はヒトをすみかとする一方で、ヒトにはできない食物消化やビタミン合成を行う他、免疫作用など様々な機能を提供してくれる不可欠なパートナーであることが分かり始めている。ヒトを含む動物の腸内に生息している膨大な数の腸内共生マイクロバイオータを腸内菌叢、腸内フローラなどともいう。

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