母乳栄養児の大腸に特に多く生息する腸内細菌。大人の腸内にも生息するが種類が異なる。酸素が無い環境を好む偏性嫌気性菌で、現在では放線菌綱Bifidobacteriales目Bifidobacterium属に属する細菌の総称。昔の分類による名称がBacillus bifidusだったことから、ビフィズス菌と呼ばれている。bifidusはラテン語で「二股の」を意味する。1899年に乳児のふん便中からビフィズス菌を発見したフランスPasteur研究所の研究者がV字やY字に分岐した特徴的な形を見て名付けた。ヨーグルトなどに多く含まれる乳酸菌は糖を分解して大半を乳酸へと代謝するのに対し、ビフィズス菌は糖を乳酸や酢酸へと代謝する。そのため、ビフィズス菌は一般的な乳酸菌とは異なるが、ヘテロ乳酸菌に分類されることもある。

 ビフィズス菌は、腸の上皮細胞などに有益な、酢酸などの有機酸を腸内で作り出すため、腸内細菌のうちで善玉菌と位置付けられる。また経口摂取すると腸内で有益な働きを期待できるためプロバイオティクスとも呼ばれる。経口摂取して腸まで届く難消化性オリゴ糖は、ビフィズス菌が増殖するための餌となることから、善玉菌を増やす健康成分であるプレバイオティクスと呼ばれる。

 ビフィズス菌は動物の腸管に存在する。ヒトではB.bifidum、B.breve、B.longum、B.adolescentisなどが生息する。