ヒトや動物、植物などの生物回りや土壌、水、大気などの環境中に存在する多様な微生物の集合体。微生物には、真正細菌と古細菌、真菌や微細藻類 、原生動物などの真核生物、それに非細胞性生物群のウイルスやウイロイド、ファージなどが含まれる。ヒトの場合は消化器、皮膚、口腔(こうくう)、鼻腔(びくう)、呼吸器、生殖器など外部環境と接するあらゆる場所に微生物が生息し、それぞれ特有の微生物叢を形成している。一般におよそ1000種、数十兆個の微生物が生息しているといわれ、一過的に体内に侵入して感染症などを引き起こす病原菌と区別して、常在菌と呼ばれる。

 常在菌といわれる微生物叢が実は、ヒトの健康や疾患に深く関与していることが、次世代シーケンサーなどの分析技術の進歩により分かってきた。

 都市などの人工的な環境下で自然を身近に感じることができるようにする空間デザイン「バイオフィリックデザイン」の研究でも、微生物叢の解析が進められている。