蛋白質構造データバンク(Protein Data Bank:PDB)は、X線回折やクライオ電顕などを用いて得られた蛋白質の立体構造に関するデータを蓄積したデータベース。日米欧の世界4 拠点(米国に2拠点、日本と英国に1拠点ずつ)が、国際蛋白質構造データバンク(worldwide Protein Data Bank:wwPDB)という組合を組織し、共同で運営している。データは世界4拠点で共有されている。日本は世界4拠点のうちの1つとして、大阪大学蛋白質研究所が日本蛋白質構造データバンク(PDBj)を運営し、アジアや中東諸国からのデータ処理や登録を担当している。今後、中国に新たな拠点を設置する計画だ。

 世界中の研究者が解析した蛋白質の立体構造データは全てPDBの4拠点のうちいずれかのデータベースに登録される。関連する学会やジャーナルとの間で取り決めを交わし、論文中に登場する蛋白質の立体構造がPDBにデータを登録されていることを明記しない場合は、審査の対象にならないなどの制限を受けるようになっている。

 2020年3月時点で、PDBには16万件を超えるデータが登録されており、毎週250件程度が新たに追加されている。毎日、世界中で200万件以上の情報がダウンロードされ、基礎研究や創薬などに活用されている。