内閣府の科学技術・イノベーション会議(CSTI)が2018年に設定した「骨太の目標」で名付けた新しい研究開発制度の名称。個別の技術シーズでは解決困難な社会課題等を対象とし、関係府省が当該目標に即したプログラム構想を策定する。関係府省は、トップ研究者(PM)を広く募集し、ポートフォリオ管理を導入する。革新的研究開発推進プログラム(ImPACT)の研究開発手法を改善・強化し、より野心的な構想の下で関係省庁が一体となって集中・重点的に研究開発を推進する仕組みと位置付けている。内閣府はムーンショットの予算として2018年度第2次補正予算で1000億円、2019年度当初予算で20億円を確保し、合計1020億円の8割を文部科学省系の科学技術振興機構(JST)にて、同2割を経済産業省系の新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)にてそれぞれ基金を創設した。2020年度概算要求では、農林水産省が農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構)にムーンショットの基金を創設すべく100億円を財務省に要求した。日本医療研究開発機構(AMED)も2020年度にムーンショットの基金を創設する。