抗体などの蛋白質を解析する手法の1つ。蛋白質を分解してペプチド断片とし、逆相クロマトグラフィーなどで分離した後、質量分析や紫外吸収の結果から、プログラムが蛋白質の一次配列や翻訳後修飾の状態を分析できる。

 ペプチドを断片化する手法として、特定のペプチド結合に反応する酵素を用いる酵素法や、臭化シアンや2-ニトロ-5-チオシアノ安息香酸などの試薬を用いて、化学反応によりペプチド断片を得る化学法がある。分析する蛋白質に応じて、使用する試薬や反応条件を選択する。

 ペプチドマッピングは、米国薬局方、欧州薬局方、日本薬局方などで規定された試験法であり、抗体医薬などのバイオ医薬品の定性的評価にも用いられている。例えば、異なるロットの抗体医薬をペプチドマッピングで比較することにより、ロット間の抗体医薬の同一性や安定性を評価できる。