抗原提示に特化したプロテアソームを指し、免疫プロテアソームとも呼ばれる。プロテアソームは、複数のプロテアーゼから成る複合体で、真核生物の細胞内でユビキチン化された蛋白質を分解し、蛋白質分解の中心的な役割を果たしている。ただ、プロテアソームが多様な因子と会合することで、分解を調節したり、触媒活性を変換させたりすることが明らかになっている。

 例えば、標準型プロテアソームは、インターフェロン(IFN)γや腫瘍壊死因子(TNF)αに誘導されると活性型サブユニットが置換された免疫プロテアソームを形成。MHCクラスIに高い親和性を持って結合する、抗原提示に有利なペプチドを効率的に産生するようになる。

 免疫プロテアソームは、その機能から自己免疫などの創薬標的として考えられており、2017年から米Principia Biopharma社は、米AbbVie社の子会社であるスペインAbbVie Biotechnology社と、経口イムノプロテアソーム阻害薬の開発を目指し、共同研究を進めていた。ただし、2019年3月、両社の共同研究は終了している。