オートファジーによってミトコンドリアが選択的に分解される機構のこと。

 ミトコンドリアは、細胞内でATPを産生する機能を持つ。ただ、ミトコンドリアは、損傷すると活性酵素を発生させたり、チトクロムCを放出し、細胞のアポトーシスを誘導してしまうため、損傷を受けた後に速やかに分解される必要がある。その分解の仕組みがマイトファジーだ。

 ミトコンドリアが損傷を受けると、ミトコンドリアの膜電位が脱分極し、細胞内のPINK1蛋白質が、ミトコンドリア外膜に集積する。PINK1蛋白質によってユビキチンリガーゼであるParkin蛋白質が活性化し、ミトコンドリア外膜上の蛋白質をユビキチン化。ユビキチン化された蛋白質を目印に、マイトファジーが開始される。