核酸医薬に用いられるオリゴヌクレオチド(核酸オリゴマー)を製造する際の出発原料。A、C、G、U(またはT)の4種類を用いる。現在、オリゴヌクレオチドを製造する際は、固相合成法(ホスホロアミダイト法)が主流になっており、その製造過程は以下のようなものだ。まず、合成時の担体として、細孔を持つガラスビーズまたは樹脂ビーズの表面にモノマーを結合させ、そこに、4段階の化学反応を介して、アミダイトモノマー(修飾ヌクレオチドモノマー)を1つずつ付加。それを何度も繰り返し、オリゴヌクレオチド(オリゴマー)を合成。その後、最後までビーズ表面に結合しているオリゴヌクレオチドを溶媒で分離、精製して製造する。

 ただ、何度も化学反応が必要であるなど非常に工程が多いため、不純物が生じやすく純度が上がりにくいことや、製造に当たって多くのアミダイトモノマーを投入しなければならず、コストがかかるなど、課題も多い。最近では、アミダイトモノマーを1つずつ付加していくのではなく、あらかじめ二量体(ダイマーアミダイト)、三量体(トリマーアミダイト)を合成しておき、それをつなげるといった合成法も開発されている。