微生物の獲得免疫システムで機能するエンドヌクレアーゼとして、2015年に見いだされた。Cpf1とも呼ばれる。ガイドRNAと結合し、ガイド配列と相補的な2本鎖DNA(標的配列)を切断するため、Cas9と同様、ゲノム編集に用いられている。標的配列の3'末端側に必要になるPAM配列としてTTTN配列を認識すること(Cas9のPAM配列はNGG配列)、Cas9よりも短い41塩基から44塩基のガイドRNAで切断できることなどから、ゲノム編集では同様のエンドヌクレアーゼであるCas9と使い分けられている。

 最近になって、Cas12aが、直鎖状や環状の1本鎖DNAを切断することが見いだされた。Cas12aは、ガイドRNAと結合した標的配列を認識し、1本鎖を切断するというもので、この活性を見いだした米California大学Berkeley校のJennifer A. Doudna教授らは、Cas12aの1本鎖の切断活性を利用した、診断システム「DNA Endonuclease Targeted CRISPR Trans Reporter(DETECTR)」を開発。超微量検体から病原体の有無などを診断できるとしている。