自己/非自己を認識する際の目印となる分子。ヒトの主要組織適合性複合体(MHC)のこと。1950年代、輸血を受けた患者の血中に他人の白血球を凝集させる抗体が見つかり、その抗原としてヒト白血球抗原(HLA)と命名された。1960年代には、HLA型の適合度と移植した腎臓の生着率との関連が明らかになった。HLA遺伝子群は、ヒト第6染色体の短腕部にコードされているが、HLA-A、HLA-B、HLA-C(クラスI)、HLA-DR、HLA-DQ、HLA-DP(クラスII)と複数の遺伝子座があり(多重性)、かつ、それぞれの遺伝子座に数百種に上る多型が見いだされている(多型性)。骨髄移植などの臓器移植では、HLAの遺伝子座の多型を調べ、移植の可否を判断する。

 東芝は、2018年1月、日本人のSNP解析用DNAマイクロアレイ「ジャポニカアレイv2」を用いた受託解析サービスの解析結果を基に、HLAの遺伝子座の多型を推定する、研究機関向けのHLAインピュテーションサービスを開始。ゲノムワイド関連解析(GWAS)などに利用されると見られている。