DNAマイクロアレイを利用し、疑似的に全ゲノム情報を得る技術。アレイによる解析を行った後、アレイに載っていない遺伝子についてリファレンスパネルを参照してゲノム情報を統計的に補完する。全ゲノム解析を行わずに疑似的に全ゲノムの情報を得られるため、解析費用を抑えられる。

 従来、大規模に解析された日本人固有のゲノム配列のリファレンスパネルが無く、日本人のゲノムのインピュテーションは進んでいなかった。昨今、東北大学東北メディカル・メガバンク機構(ToMMo)が、1000人規模の日本人から得たリファレンスパネルを作成し、インピュテーションに利用している。