標的遺伝子の働きを、任意の時期と場所(臓器など)で機能しなくするように工夫したマウス。標的遺伝子の働きを機能しなくするノックアウト(KO)マウスは、遺伝子の機能を生体で調べる実験動物として広く利用されている。しかし、この遺伝子の働きの無力化は、マウス個体が育つ発生の時点でも生じるため、発生に必要な遺伝子をKOするとマウスが生まれてこない(胎生致死)。そのため、生まれた後で生育とともに、その遺伝子がどのような機能を発揮するかを調べられない。

 これに対し、コンディショナルKOマウスは、標的遺伝子の働きの無力化を、望んだ時期と場所で行えるため、特定の時期や場所における標的遺伝子の機能を細やかに解析できる。

 このコンディショナルKOマウスの作製には、Cre/loxPシステムが使われることが多い。まずは、遺伝子が機能を発揮するのに不可欠なエキソンの1つを、2つのloxP配列であらかじめ挟んでおく。そして、この挟まれたエキソンを切り出す酵素であるCreを、特定の時期に特定の場所で発現させると、標的遺伝子の働きが無力化される。Cre/loxPは、もともとは、バクテリオファージP1が、宿主の大腸菌内で複製される際に自身のゲノムを環状化するのに利用している。