ヒトの腸内に存在する様々な種類の菌が単独または合剤で配合された製剤で、整腸作用を促す。国内では、ビフィズス菌やカゼイ菌、ラクトミン、耐性乳酸菌、酪酸菌などを有効成分とする医療用医薬品が販売されている。

 腸内には、体内に有用な菌と悪影響を与える菌、日和見菌が存在する。有用な菌は、ビフィズス菌や乳酸菌などが挙げられ、ビタミンの合成や消化吸収の補助、感染防御、免疫刺激の作用を持つ。一方で、悪影響を与える菌は、腸内腐敗や細菌毒素、発癌物質の産生などを引き起こす。代表的なものにウェルシュ菌やブドウ球菌、大腸菌の有毒株などが挙げられる。日和見菌は、体調を崩した際に下痢などを引き起こす原因となる菌だ。

 生菌製剤の作用メカニズムは、悪影響を与える菌の増殖を抑制することだ。そのような菌は、酸性条件で増殖が抑制される。生菌製剤は、その有効成分の菌が、乳酸や酢酸、酪酸などを産生し、腸管内のpHを下げることで整腸効果を発揮する。