二種類以上の異なる個体の細胞が混ざったキメラ動物は、遺伝子改変動物の作製を容易にします。たとえば、キメラマウスは、多能性状態にあるマウスの胚性幹細胞(ESC)を着床前の胚に移植することで作製できます。一方で、生体の様々な細胞を作り出せる多能性幹細胞には、ESCのほかに、より発生段階の進んだエピブラスト幹細胞(EpiSC)もあります。マウスEpiSCは、着床後の胚である卵筒胚のエピブラストから作製され、胚盤胞に移植してもキメラ個体を形成できない点で異なります。また、げっ歯類以外のヒトを含めた動物種のESCはその特徴がマウスEpiSCと類似していることが知られており、これに対応するようにげっ歯類以外ではESC由来のキメラ動物は作製されていません。

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