弊社取り扱いの米国Softgenetics社が開発した次世代シークエンサーデータ統合解析ソフト「NextGENe」が大幅に改良され、SOLiDの「2-base encoding」から生成されるcolor-spaceデータを、de novoでアッセンブルする機能が装備されました。
次世代シークエンサーは低コストで大量の配列データが得られる反面、データの信頼性に問題がありました。
SOLiDの最大の特徴である「2-base encoding」はこの信頼性を大幅に上げる反面、それに付随するcolor spaceの概念が複雑で、特に新規ゲノム解析やindel、repeat解析等に必要なde novoアッセンブルが困難とされてきました。
しかし、Softgenetics社は、自社独自開発アルゴリズムを用いた「Condensation Tool」を応用することでその困難を克服して、E. coliのゲノムにてcolor-spaceのままde novoアッセンブルを行い、最長で16Kbpにおよぶコンティグの生成に世界で初めて成功しました。
この過程で、SOLiDのQuality Valueを用いた上、「Condensation Tool」でも独自にクオリティの低いリードを除くことにより、上記E&s_comma; coliゲノム解析では結果としてレファレンスにマッチしないアッセンブルされたリードはわずか3個でした。
将来的には、Mate-Pairにも対応予定で、更なる性能と信頼性の向上が見込まれます。

現在のところは、ローデータをお持ちのお客様には、Softgenetics社による、「NextGENe」を用いた無料のテストアッセンブルサービスを行います。
また、近々には「NextGENe」の購入を御検討されているお客様へ、試用期間限定の無料デモ版の御提供も開始予定です。

詳細につきましては、弊社までお気軽に御連絡下さい。