科学技術振興事業団バイオインフォマティクス推進センターは、下記の要領で、ゲノム統合情報データベースのバッチ検索機能を公開した。最新情報は「皆のホームページ」情報学研究者欄でアクセスできる。


ヒトゲノム統合情報データベース(HOWDY)のバッチ検索機能を公開



科学技術振興事業団バイオインフォマティクス推進センター(JST&s_comma; BIRD)が進める事業の一環として現在サービス提供を行っているヒトゲノム統合情報データベース(HOWDY)の機能拡張を行いました。また,新規のゲノム解析ツールも公開を開始しています。詳細は以下の通りです。



  1. HOWDY(ヒトゲノム情報統合データベース)

    HOWDYは,遺伝子,塩基配列,マップ,SNP等のヒトゲノムのデータベースから,リンクを持つすべてのデータを検索するデータベースです。このHOWDYに,バッチ検索機能が加わりました。
    従来のHOWDYではブラウザ上でクエリーを受け付け,オンラインでのみ結果を返していました。今回,検索結果を電子メールで返信するバッチ検索機能を公開したことにより,ユーザーはXML形式のクエリファイルを用いて1回に複数のクエリを投入することや検索結果については電子メールにてXML形式のファイルを受け取ることが可能となっています。このため,ユーザ側で検索結果データを加工しやすくなっています。


  2. Genome Scenario(ゲノム解析統合環境)

    従来よりサービス提供しておりましたDNAマルチプルアラインメント,YEBIS(原核生物遺伝子予測ツール),GeneWalker(ヒトゲノム遺伝子予測ツール),Homology Search (BLAST,PSI-BLAST,SSEARCH)などのツールを組み合わせて解析するインターフェースを作成いたしました。これにより,ユーザはツールを組合せた解析の筋書き(シナリオ)をGUI上で作成するだけで,従来手間のかかっていたツール間のデータの切り出し・投入の作業を省くことができ,複雑な解析が簡単にできるようになっています。このツールはWebから御利用いただけます。なお,従来よりサービスしておりました各ツールについては単体でもお使いいただけます。





従来のコンテンツも充実中です。



  1. JSNP(日本人標準SNPsデータベース)


    東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターと共同で開発しているJSNPに,(社)バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)によるアレル頻度解析データを追加しております。これにあわせアレル頻度解析情報を有するSNPのみに制限する検索ができるようになっております。2002年07月17日 第11回公開 190&s_comma;562 SNPs. うち,78&s_comma;570 SNPsにアレル頻度解析データがあります。



  2. HGSページ(ヒトゲノムシークエンシング)


    JSTのヒトゲノムシークエンシング事業の公開ページに,事業終了後に更新されたデータとして,6番染色体,6p21.3のアノテーション情報を追加いたしました。NCBIのコンティグデータにJSTシークエンシングデータをマップ表示しています。

     


  3. GDB日本ノード


    ヒトゲノムに関する実験資材の情報が特に充実しています。専任のキューレーターがデータを日々更新しています。




JSTバイオインフォマティクス推進センターとは・・



バイオインフォマティクスを推進し,生物科学と情報科学が融合し,生命の原理を解明する研究開発を支援することを目的としてバイオインフォマティクス推進センターが発足いたしました。こちらのホームページからは,業務内容,公募のお知らせ,ゲノム情報処理の初級から上級までを幅広くカバーするゲノムリテラシー講座のご案内などを発信いたします。






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