科学技術振興事業団データベース開発部が、下記の要領で、ゲノムリテラシー講座-多型解析と疾患遺伝子同定-受講生の募集を開始した。





ゲノムリテラシー講座-多型解析と疾患遺伝子同定-
受講生の募集を開始しました。2月25日〆切

詳細は、こちら




  1. バイオインフォマティクス推進センターホームページ


    バイオインフォマティクスを推進し、生物科学と情報科学が融合し、生命の原理を解明する研究開発を支援することを目的としてバイオインフォマティクス推進センターが発足いたしました。こちらのホームページからは、業務内容、公募のお知らせ、ゲノム情報処理の初級から上級までを幅広くカバーするゲノムリテラシー講座のご案内などを発信いたします。


    また、国内のWebサイトを中心にバイオインフォマティクス関連のデータベースや解析ツールを収集し案内するWINGの公開を開始しました。随時機能向上を図ってまいりますので、ご意見などお聞かせください。


  2. HOWDY(ヒトゲノム情報統合データベース)


    HOWDYは,遺伝子,塩基配列,マップ,SNP等のヒトゲノムのデータベースから,リンクを持つすべてのデータを検索するデータベースです。このHOWDYに,塩基配列編集機能が加わりました。検索の結果得られた塩基配列データの配列を,Annotationを参照しながら切り出したり,切り出した部分同士を連結して新しい配列を作ることができます。例えば,ゲノム配列にアノテートされた遺伝子のmRNAを作ったり,exonがそれぞれ別々なデータに登録されている遺伝子の配列を連結する等の操作がWeb上のボタン操作で簡単にできます。編集した配列は,fasta形式になりますので,各種の解析ソフトウェアで御利用いただけます。
    また、配列をインプットして、アノテーションを付けるとその結果がXMLファイルになり、それをアップロードしてマップをビューするツールSAVVYがリリースになりました。


  3. JSNP(日本人標準SNPsデータベース)


    東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターと共同で開発しているJSNPの検索機能をバージョンアップしました。スクリーニングの対象を選別した塩基配列データから,NCBIのLocusLinkやUnigeneの情報を経由することで,遺伝子名での検索が可能になりました。さらに,染色体上の位置を指定して検索する機能や,各染色体上のUnigeneのESTごとにSNPを表示するマップを追加しました。各SNPについては,従来のGenBank配列上での表示に加え,GenBank配列同士の重複や遺伝子を表示するマップ,スクリーニングの波形を御覧いただけます。


  4. HGSページ(ヒトゲノムシークエンシング)


    JSTのヒトゲノムシークエンシング事業の公開ページに,事業終了後に更新されたデータとして,21番染色体,22番染色体の全シークエンスの情報を追加いたしました。NCBIのコンティグデータにJSTシークエンシングデータをマップ表示しています。


  5. ALISホームページ


    Linksを追加いたしました。ゲノム関連のデータベース,検索ツールを集めました。情報探索に必須なサイトや,最近注目のサービスを取り揃えています。




従来のコンテンツも充実中です。



  1. ゲノム解析ツール


    マルチプルアラインメント,YEBIS(原核生物遺伝子予測ツール),GeneWalker(ヒトゲノム遺伝子予測ツール),Homoloy(BLAST,PSI-BLAST,SSEARCH)のツールが,Webから御利用いただけます。HOWDYの編集機能で作成したデータを御利用いただくこともできます。また,これらのツールを組み合わせて解析するインターフェースを準備中です。


  2. GDB日本ノード


    ヒトゲノムに関する実験資材の情報が特に充実しています。専任のキューレーターがデータを日々更新しています。





御利用いただきました御意見,御感想をおよせください。今後のサービスに取り入れてまいります。また,各種パンフレット等もございますので,メールにて御請求下さい。