ゲノム編集技術を用いて遺伝子の機能を破壊する方法は、大別して2種類に分類される。修復の鋳型となるドナーDNAを使用する方法と、使用しない方法である。ドナーDNAを使用する場合には、あらかじめ規定した変異配列を導入できるため、目的通りにドナー由来の配列が挿入されたアレルでは、確実な遺伝子破壊の効果が期待できる。ドナーDNAを使用しない場合には、より高い変異導入効率が期待できる一方、導入される変異のタイプ(挿入・欠失など)を正確にコントロールすることは難しい。そのため、確実かつ高効率な遺伝子破壊のためには、前者(ドナーDNAあり)の効率を上げるか、後者(ドナーDNA無し)の確実性を上げるか、という2つの戦略が有効である。

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