お元気でお過ごしでしょうか?

 私は、7月に2週間、8月に1週間、米国及びカナダに行って参りました。
 学会参加 及び 研究機関・大学・グラント機関訪問を通して、ゲノム・遺伝子・  タンパク質・生命システムの解明に関わるバイオインフォマティクス 及び システムバイオロジーの研究動向を調べるのが主目的で、今回は特に植物科学におけるこれらの動向調査にも力を入れました。
次の二つの話題をご紹介します。
 1.全般動向(特に、オープンサイエンスについて)
 2.植物システムバイオロジー(環境・エネルギー・食糧など)
 その前に、私が関与しております次の3つの会をご紹介し、皆様のご参加を  お待ち申し上げます。
 1「システムバイオロジーの新展開」講座  KAST主催、理研協力
   10月2、3、6日 神奈川サイエンスパーク(溝の口)
   最先端・世界トップクラスの講師陣による研究リーダー向けの講座です。
   期限が迫っておりますので、早急にお申し込みください。
    Google 「KAST システムバイオロジー講座」ですぐ出ます。
      www.newkast.or.jp/kyouiku/kouzaboshu/ed20_III_02.html 
 2「細胞を創る」国際シンポジウム
   10月14、15日 理研神戸(ポートピア)
   細胞の再構成・機能設計に向けて合成バイオロジーの多面的な研究が
   紹介されます。
www.cdb.riken.jp/synthesisofcells/jpn/application/index.html 
 3「CBI学会年会」
   10月22、23、24日 学術総合センター(神田一ツ橋)
   疾病経路網からの疾患と創薬(特に核内受容体とメタボリック症候群)
    をメインテーマとしたバイオインフォマティクスの多様な発表。
    http://cbi-society.org/cbi/taikai/Taikai081022-24/ 

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「世界のバイオインフォマティクスの脈動」 第33回
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1.全般動向(特に、オープンサイエンスについて)
 
  今この分野で最も大きなインパクトは、皆様も毎日のように見聞されて
いる「次世代シーケンサー」の登場です。これは本当にゲノム・ポスト
ゲノム科学にとって革命的とも言える影響を与えるものです。このことに
ついてはすでに、このシリーズでも何度もご紹介して参りましたし(*)、
最近のことについてはまた別の機会に述べたいと思います。
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  (*) 八尾 徹「世界のバイオインフォマティクスの脈動」
    第570号 (2004. 8. 3) 第 2回 ゲノムシーケンシングはまだまだ続く
                   -世界の動向
    第707号 (2005. 7. 8) 第13回 遊び心のバイオインフォマティクス
                  (1000ドルゲノム)
    第884号 (2006. 9. 8) 第25回 メタゲノミクス
    第926号 (2006.12.15) 第26回 ENCODE, ゲノムシーケンシング
    第960号 (2007. 3. 9) 第27回 米国大規模ゲノムセンター、
新シーケンサー
第1075号 (2007.12.14) 第30回 ゲノム関連国際プロジェクト、
ENCODE新展開
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さて、今回「世界の大きな潮流」の一つとして取り上げたいことは、  
   「オープンサイエンス」のことです。
  1)今後の科学研究にオープンサイエンスの行き方が大きな影響を与える 
   との認識から、2008年6月にサンジェゴにおいて2日間の会が開かれま
   した。e-Science, Wiki, Blog, Webcast, Video などをどう利用して
   科学の研究や流通を促進していくかについて話し合いが行われました。
   この会の組織委員長であるUCSD のJohn Wooley教授から8月訪問の際、
   この会の内容の速報はNature Proceedingに出ていること、現在報告書・
   提案書を草稿中であること、また現実に、大腸菌研究分野では顕著な
   進展をしていること(Ecoli Hub) 等を伺いました。
会議の内容は下記から見ることができます。
     http://workshop.wik.is --> Video Archives 
  2)2008年7月にトロントのISMB 学会で面談した Chris Sander 博士
(Diector, Bioinfomatics Center, MSKCC, NYC) も開口一番、今後
オープンサイエンスが重要になっていくことから、学会としてもどう
対処あるいは変革していくかについて、Phil Borne(前会長) 等と話し
合ってきたところだと興奮気味に話してくれました。
研究・発表・出版・教育・広報などあらゆる面で、インターネット・
ビデオを利用した方式に変わっていく、変えて行くことを考慮すべきで
ある。それによって科学的なCulture を広く一般にも広め(現在の5倍位)
それが今後のグローバルな問題解決(環境・エネルギー・食糧・健康
など)につながり、人類の幸福に貢献するというビジョンを持っている。
  このことに具体的にどう貢献して行けるかを討議している。多くの人へ
の科学教育・そのための手段(出版、教材、HyperLink、ビデオ、アノ
テーションなど)、資金サポートなどを短期・中期・長期に亘って考え
   ていく必要がある。上記1)と全く同じ方向です。
  3)2008年9月3日号の Nature 誌は、"Big Data" 特集として、Petabyte 
時代の諸問題を述べています。その巻頭言(p.1) は、"Community 
Cleverness Required" です。今後の研究は世界中の膨大なデータと
   知識を組み合わせて更に上位の知識を獲得していくことになり、その
   ためにはデータや研究の公開性が重要であるといっています。
   具体的に、Wikiomics の欄(p.22-25)で、すでに遺伝子・タンパク質・
パスウエイなど約10種類のデータベースのアノテーションについて
Wiki スタイルの公開共同研究化が進んでいることが紹介されています。
最近の次世代シーケンサーやイメージング技術の進歩を考えれば、今後
  ますます膨大なデータが産出されることは間違いなく、それらのデータの
  解釈は、データ測定者・グループのみでは不可能になってくるでしょう。
  現に、C.Venter 博士らによるGloval Ocean Sampling によるメタゲノム
  データについても発表当初(2006年)から、データを完全公開して世界中
  の研究者からアノーテーションしてもらうという行き方をとりました。
  
  このような傾向は、単にデータのアノテーションのみでなく、科学的発見・
  知見の早期公開・共有にもつながるでしょう。
 2.植物システムバイオロジー
  今回の米国・カナダ出張に当たって、植物科学研究におけるバイオイン
  フォマティクス・システムバイオロジーの状況を調べましたので、その
  要点をご紹介いたします。
 1)NSFの植物ゲノム科学に関する施策
  2008年7月16日ワシントンのNSFオフィスを訪問し、植物ゲノムの展開と
  バイオインフォマティクス・システムバイオロジーの状況を伺いました。
  ライフサイエンス全体統括のDr.W.ZAmer, 基盤部門の Dr.J.Silverthone他,
分子細胞生物学部門の D.P.Chitnis 等、幹部の方々が対応して下さいました。
概要のみをご紹介します。
  
  ・1998年から進めてきたNPGI(National Plant Genomics Initiartive 
   年間$100M, 研究者700人規模)は、NRC(National Research Council) 
   から10年間の成果を高く評価され、更に今後 植物理解のためにゲノム
   シーケンシングとオミックスツールの開発を強化すべき、その上で重要
   な穀物と樹木の改良に対し、システムバイオロジーのアプローチを取る
   べきとの提言を得ています(2008年1月)。
  ・NPGIの次期計画は2009年1月発表、2009年10月スタートの予定です。
   目標設定のためのワークショップ、省間にまたがるワークショップを重
   ねてきているとのことです。
  ・これまでに、植物・穀物のゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム
   などのデータベース(PlantGDB, PLEX DB 他)が構築され、また解析ツー
   ル(cMAPほか) も開発されてきている。細胞壁プロテオーム(Secretome)の
   研究(Cornell大)は BioFuelに関連し注目されています。
 
  ・これまでのNSFでのシステムバイオロジーは、一般研究グラントの中で
   受け付けてきました。約6000プロポーザルのうち 15% がシステムバイオ
   ロジーで、今後 25%位になると予想しています(Dr.Chitnis)。
   各種のシステムバイオロジー研究の上に、次第に大きなレベルのシステム
   バイオロジーが展開されるとし、ボトムアップアプローチをとっています。
   NSF では、早くから(2002年頃から) Complex Biological Systems
   Analysis について、推進してきました。たとえば、2007年6月7-8日には、
   フォロリダでComplex Interacting Systems for a Sustainable Futureと
   題したNSF ワークショップを開いています。
 2)"i Plant" 計画 (NSF 重要課題の一つ)
  NSF は、CyberInfrastructure を利用して、複数の異分野研究機関が共同で、
  植物科学のグランドチャレンジな課題に挑戦する提案を受け付け始めました。
  NSFで2年間の検討を経て決めた重要な動きです。
  その第一陣として、2008年1月に5年間 50M$ の予算をUniv.of Arizona の
  BIO5 Institute のRichard Jorgensen 所長のところにつけると発表しまし
  た。ここを拠点としてCyberInfrastructure を利用して米国内あるいは国際
  的な共同研究体制を築くことにしています。すでに9提案の中から4チーム
  を選び5月にキックオフミーティングを開いています。更に9月に第一回
  ワークショップを開くとのこと。
  今後、さらに2チームが選定される予定。海外からの提案も受け付けること
  になっています。
  今後の展開に注目したいと思います。
 3)3センターの設立
  NSF は、最近次の三つのセンターを立てることを決定しました。
  これらは、部局間(工学-バイオ、情報-バイオ等)での共同グラントで、
  最近の異分野融合研究の必要性に基づいた動きです。
  ・National Center for Ecological Analysis & Synthesis (NCEAS) 
UC Santa Barbara www.nceas.ucsb.edu

・National Evolutionary Synthesis Center (NESCent) 
Univ. North Carolina, Duke, NC State
www.nescent.org

・New Center for Mathematics and Biological Synthesis (NIMBioS) 
Univ. Tennessee $16M Sep. 3, 2008 www.cpst.org
 4)植物システムバイオロジーの動き
  今回(2008.7) 及び前回(2007.7) に面談した次の3つの大学・センター
  の動きをご紹介します。
  ・Peter McCout 教授 (Dept.of Cell & Systems Biology, Toronto Univ.) 
  トロント大には、細胞・システム生物学部があり、教授陣の2/3が細胞
  生物学、1/3がシステム生物学(3名)だが、システムバイオロジーの教授
  を3~4名増やす予定である。アラビドプシスの機能ゲノミクスデータ
  を基にしたモデリングに挑戦しているが、細胞壁の解明が重要な課題で
  そこにはバイオケミストリーの知識・経験とデータ取得が必須である。
  ・Bennet Malcolm 博士 (Director, Center for Plant Integrative
Biology, University of Nottingham, UK) 
   CPIR は、英国システムバイオロジー6センターの一つとして2005年に
設立された。BBSRC 及び EPSRC(情報系) から 8.5 M£の資金を得て
いる。ポスドク22-25名(内、生物系5名、その他20名),
博士コース学生20名位で、一緒の研究室で研究している。
  このセンターは、植物の根の成長についてのシステムバイオロジーを
進めており、最近 Lateral Root の発生と成長のメカニズムについて
新しい発見をした。
Development 134,681-690 (2007), Nature Cell Biology in press. 

 ・Martin Kuiper 教授 (Computational Biology, Plant Systems Biology, 
Univ. of Gent July,2007 
   ベルギーゲント大では、植物の成長と分化に焦点を当てたシステムバイオ
   ロジーの展開が早くから(2002年~)始められ、現在は Dirk Inze 学部長
の下に、14グループ、200名の大所帯になっている。その中、バイオイン
   フォマティクスグループ 30名、計算生物学14名である。
 バイオロジーグループは、細胞周期、根の形成・成長、葉形成・成長、
樹木形成(ポプラ)、植物-微生物相互作用などを研究、技術グループと
して各種機能ゲノミクスの機器を揃えている (RNAi, Sequencing, 
Transcriptome, Interactome 他)。 
計算生物学のグループでは、上記のバイオロジーグループと組んで各種
の数学モデルを立てている。トップダウンアプローチを取っている。
また、バイオインフォマティクスグループでは、細胞周期解析専用のオン
トロジーCCOを開発している。  
植物研究は、微生物研究と共に、今後の環境・エネルギー問題の解決にとって非常に重要な分野であり、そこにシステムバイオロジーのアプローチが大きく貢献することが期待されています。今回DOEの動きをご紹介しませんでしたが、そちらでも強力な施策が進められ、研究が進んでおります。
以上、国際的な動きを二つご紹介しました。
 何かご質問・ご意見がございましたら、いつでもご連絡ください。
 皆様、お元気でお過ごし下さい。
 
                                八尾 徹
                              理化学研究所
                        (兼)産業技術総合研究所
 ご意見・ご感想は以下のフォームからお願いします。
 
https://bpcgi.nikkeibp.co.jp/form-cgi/formhtml.cgi?form=ask_pass4/index.html
 
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日本抗加齢医学会のセミナー
「ホルミンシス仮説」おもしろい
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BTJジャーナル08年8月号は機能性RNA、日本RNA学会を特集してます。
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 毎週金曜日のメールで編集部原稿を担当しておりますBTJ編集長の河田です。
 
 今日午後は東京・大手町の経団連会館で開催されている「第13回チョコレート・ココア国際栄養シンポジウム」を取材しています。ただいま、カカオ豆ポリフェノールは抗酸化だけでなく、近く神経を刺激して、IGF-1の産生を促進することによる生理活性作用もあると、名古屋市立大学大学院医学研究科の岡嶋研二教授が発表してます。先にカプサイシンで見いだしたこの作用を、同じ評価系を用いてカカオ豆ポリフェノールについて調べた成果です。抗酸化作用はIGF-1の濃度維持に重要な働きをしているようです。
 
 今週は連休明けの火曜日午前中に、六本木ヒルズで開かれた日本抗加齢医学会の「EDUCATIONAL SEMINAR 2008 抗酸化サプリのこれから アンチエイジングドックの最新情報」を取材しまして、ちょっとした酸化ストレスは、酸化ストレスを除去する遺伝子を活性化させて総合的に好ましい状態にする、という「ホルミンシス仮説」など、慶應義塾大学医学部の坪田一男教授らからおもしろいお話しをうかがいました。
 
 大学病院のアンチエインジング・クリニックは、東京では代々木の東海大学東京病院が、06年から抗加齢ドックを開始しているのが代表例かと思いますが、慶應義塾病院でも、開設に向けて着々と準備を進めているとのことです。
 
 この六本木ヒルズでは、あのリーマンブラザーズの社名の看板のところに大勢の人がいました。
 
 このホルミンシス仮説を聞いて、アディポネクチンの作用も、これに近いのでは、と思いました。
 
 このアディポネクチンは、善玉のアディポサイトカインで、血管の炎症を抑える火消し薬として知られますが、どうやらアディポネクチンは血管内皮で炎症を少し起こすことにより、より大きな炎症が起こるのを抑えている、ということを、獨協医科大学内分泌代謝内科の服部良之教授が見いだしました。
 
 服部教授には、今年10月15~17日にパシフィコ横浜にて開催される「BioJapan2008」のセミナー「巡りとバイオマーカー」で、「メタボリックシンドロームのバイオマーカーと巡り」という演題でご講演いただきます。
 
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 今週は火曜日から木曜日まで東京・有楽町の東京国際フォーラムで、「イノベーションジャパン2008」が開催されました。記事いくつか準備中ですが、現在までに報道した記事は以下の2本です。
 
横浜市大と大塚化学、卵から調製したヒト型糖鎖でエリスロポエチン・アナログ 
https://bio.nikkeibp.co.jp/article/oc/2005/6064/
  
抗体チップで食品機能を評価する名大発ベンチャー、ヘルスケアシステムズが
年度内設立へ
https://bio.nikkeibp.co.jp/article/oc/2005/6036/
 
 抗体チップの名大発ベンチャーの研究を率いている大澤俊彦・名大教授は、現在開催中の第13回チョコレート・ココア国際栄養シンポジウムの実行副委員長をおつとめです。
 
 このシンポでさきほど、滋賀県立大学人間文化学部生活栄養学科の灘本知憲教授が「ココアによるヒト体表面の冷え改善作用」を発表しました。
 
 冷え性改善の作用は、先週金曜日に京都で開催された「糖転移ヘスペリジン・ビタミンP研究会」の設立記念公開セミナーで、林原生物化学研究所が発表していました。このセミナーには、26社と9団体から70人ほどが参加しました。会長に就任した大阪大学医学部附属病院の山下静也・病院教授を始めとするアカデミア研究者10人(記事末尾参照)が出席しました。
 
糖転移ヘスペリジン・ビタミンP研究会が発足、山下静也・阪大病院教授が会長に就任
https://bio.nikkeibp.co.jp/article/oc/2005/6012/
 
 ヘスペリジンは、その翌日の土曜日に慶應義塾大学医学部北里講堂(東京・信濃町)で開催された慶應義塾大学医学部漢方医学センター開設記念シンポジウム「サイエンスとアートとしての漢方医学」でも、話題になってました。
 
慶大漢方医学セ阿相客員教授ら、
陳皮のヘスペリジンがミエリン形成のトリガー分子を活性化
https://bio.nikkeibp.co.jp/article/oc/2005/6027/
 
 記事をご覧いただければ幸いです。
 
 メール原稿の締め切り時間になりましたので、今回はここまでにさせていただきます。
 
それでは最後に「BTJジャーナル」08年8月号(第31号)の目次を紹介します。
 
2 連載「大学は今」第8回
大学を早期退職して挑戦
鎌谷直之・前女子医大教授

5 特集リポート
第10回日本RNA学会年会
内藤哲・北海道大学教授
中村義一・東大医科研教授

8 ゲノムインフォマティスト
黒川顕・東工大教授
川島武士・OIST研究員

11 BTJアカデミック・ランキング
バイオマス環境の記事大躍進

12 専門情報ウェブサイト「FoodScience」
パンがカビないわけ

13 技術シーズ・レター

21 広告索引

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                          BTJ編集長 河田孝雄